生物信息學：導論與方法培訓

導論與歷史

歡迎選學“生物信息學：導論與方法”

熟悉生物信息學的基本概念；了解生物信息這一年輕領域的歷史；體會生物信息學的迅猛發展。

課程補充材料可以加深你對課程講座內容的理解，雖然小測和考試對這些內容不作要求。

序列比對

完成本模塊的課程后你將可以： 掌握基于動態規劃編程思想的序列比對算法； 區分Needleman-Wunsch全局比對算法和Smith-Waterman局部比對算法；

了解空位罰分背后的原理和計算算法的復雜度將幫助你在你自己的研究中應用現有的生物信息學工具；

你還可以一睹Smith-Waterman算法的發明人Michael Waterman博士的風采。

序列數據庫搜索

完成本模塊的課程后你將可以：熟悉序列數據庫搜索和常見的序列數據庫；

領略BLAST背后算法的奧妙；掌握日后在你自己的科研項目中調節BLAST參數的方法。

馬爾可夫模型

完成本模塊的課程后你將可以：了解狀態轉移、馬爾科夫鏈、馬爾科夫模型的基本概念；

親手完成一個隱馬爾科夫模型；利用隱馬爾可夫模型在一個實際的生物學問題中作出預測。

新一代測序NGS：重測序的回帖和變異鑒定

完成本模塊的課程后你將可以：描述新一代測序的特點；了解你得到的NGS變異結果是用哪些序列回帖和變異鑒定方法完成的；

親歷NGS數據分析流程，體會其中生物信息工具在NGS數據分析中的應用。本模塊是模塊7的先修模塊。

變異的功能預測

完成本模塊的課程后你將可以：了解什么是變異功能預測和如何進行變異功能預測；

在你得到一些可能的變異位點時學會利用變異數據庫解決自己的研究問題；

了解變異預測工具（SIFT，Polyphen和SAPRED等）背后的機理差異并會在自己的研究課題中按需應用這些工具。

新一代測序NGS：轉錄組分析RNA-Seq

完成本模塊的課程后你將可以：了解轉錄組數據是如何產生的；掌握轉錄組分析中的重要計算方法；體驗RNA-seq的數據分析流程；本模塊是模塊9的先修模塊。

非編碼RNA的預測及分析

完成本模塊的課程后你將可以：掌握從轉錄組數據中分析非編碼RNA的方法；

掌握從NGS數據中鑒定長非編碼RNA（lncRNA）并預測其功能的方法。

本體論、分子通路鑒定

完成本模塊的課程后你將可以：了解本體論和基因本體輪等重要定義；了解KEGG通路數據庫；

了解GO的注釋消息；在藥物成癮研究中學會使用KOBAS進行通路分析。

生物信息數據庫及軟件資源

完成本模塊的課程后你將可以：高屋建瓴的去了解重要的生物信息資源（生物信息數據庫和軟件工具等）；對NCBI, EBI, UCSC

基因組瀏覽器這樣集中型的生物信息資源與各種獨立的生物信息資源的概況有廣泛的了解和認識；

將你的研究內容和相關生物信息資源聯系在一起。

新基因起源

完成本案例模塊的課程后你將可以：體驗生物信息數據、方法和分析是如何解決一個重要的演化問題的；

領略物種特異性新基因的起源、演化、功能研究和分析方法；

研究案例II- DNA甲基化酶的演化功能

完成本案例模塊的課程后你將可以：親歷生物信息學方法對DNA甲基化酶的功能和演化的研究；